陈瑸认为,台湾是福建的咽喉,北部地区又是台湾的心腹地带,有土番三十六社散居其间。他们不谙稼稻,专以捕鹿为生,恶劣的自然条件和落后的生产方式,使得他们很难维持温饱。当地的贪官污吏层层盘剥,使他们的处境更为艰难。“查各番每年有花红陋规,以社之大小分多寡:或二百八十两,或一百二十两,或八十、六十、四十两不等。县官索之通事、通事索之土番,日朘月削,以致举家老少衣不蔽体,食不充腹;而又派买芝麻、鹿脯、鹿皮,搬运竹木,层层搜括,剥肤及髓,甚为土番苦累。”“长此不已,必有意外之变。”对于台湾北部少数民族区域的治理,陈瑸提出六条对策:除滥派,以安番民;给脚费,以甦番困;立社学,以教番童;禁冒垦,以保番产;添塘汛,以防番社;归县署,以驭番众。陈瑸十分关注文教事业,在凤山县和台湾县购置了数处田地,作为台湾府学的学田,租谷收入用于资助士子参加科举考试,及用作县学和文庙的日常费用。他要求各县设立义学,招集生徒、延师授课。对于具体的教学活动,提出详尽要求:“每月三、八课期,尔社师自出题目,必须两道;细心批改。月终,将阅过原卷及讲读何书、习写字法,汇册登记,送署呈览。果能尽心启迪,俾诸童日进月益,本道自当优礼相待,为望较切于诸童之父兄也。”[2]P64他强调要具体到读《四书集注》,要求教师引导学生多读原著,细细体认,晓其深意。“若全不讲明,即一日连读十数章、一月能读一本,亦无裨益。”康熙五十一年,陈瑸发布《劝学示略》,强调台湾僻居海表,师资少,不少教师学无所本,只是以舌耕糊口,自问茫如,何以教人!他下令各地举荐一些文行兼优之士,担任社学的教师。凡有子弟读书、无力从师者,不论已未入泮,俱许送入四坊社学;慎毋观望不前,致误学业!康熙五十二年,台湾建朱子祠成,陈瑸撰文回答了时人提出的“海外祀朱子有说乎”的疑问。他认为,朱熹曾先后担任过同安主簿和漳州太守,这两地与台湾仅一水之隔,朱熹的理学思想对台湾的影响是显而易见的。要求凡读朱熹书者,应信之深,思之至,精察力行,勿稍移移,致堕流俗。为了保证朱子祠中的香火费、油灯费及相关费用有稳定的来源,他拨给一处庄田,将租粟收入充作上述费用。陈瑸还设立十六斋教士子,置学田以资师生膏火。诸凡创建,皆亲董其事,终日不倦。他要求士子各思奋发,以通经学古为业,以行道济世为贤,处有守、出有为,不辜负国家振兴教育之至意。地方官员也要以教化为先,对这类教学场所时时予以修葺。“安知荒岛人文,不彬彬乎海滨邹鲁也哉!”[2]P69陈瑸还十分关注少数民族儿童的教育问题,指出:“南路八社、北路三十六社,均系番族;既入版图,自与台地人民一体,岂容弃诸化外。”他任职三年来,尚未“有番童来参加岁科两试,要求当年各地官吏务必动员来考。府县破格录送数名,注明‘番童’字样,以凭酌量节取入泮,以示鼓励”。同年,陈瑸任台厦道已满三年,他回顾自己的治绩,认为在文教方面主要做了以下一些事情:每逢朔望日,按规定向文武官员、师生、里老宣讲“上谕十六条”,务使明晰、民番尽晓,以兴教化;修葺文庙、启圣祠,修建名宦祠、乡贤祠及明伦堂的相关建筑,又新建朱子祠,这些文教场所的存在有助于崇扬正学;主持岁、科两试,尽职尽责,“按月发题到学,课卷亲加评阅”;立四坊社学,礼请文学兼优之士为师,年给馆谷,凡孤寒有志者,俱令入学,按期督课,季终亲自会考诸生,优者奖赏,以示鼓励。在《严禁冒考等弊示略》中,陈瑸提出:“台郡应试,有全无田产、冒入籍贯者,有住居此县越彼县充考者,有改名换姓、一人两处投考者,又有县考张甲、府考又顶钱乙,府考李三、道考张四者。”以此警告违规者务必洗肠涤肺,无蹈前辙,否则,将连同保人一道依律治罪。康熙五十二年冬,在朱子祠后修建文昌阁,并修文庙泮池。

由于“操守清廉、居官敬慎,民兵甚属相安”,陈瑸任职台厦道三年期满后,福建督、抚以台湾系海外要地,台厦道人选重要,不易遴选为名,联名保荐其留任三年,得到批准。