有分析人士认为，像壹基金这样的民间慈善组织身份的困境源于政府与民间角色的错位，政府的大包大揽不仅垄断了民间社会的职能，也增加了慈善的成本。

　　在民间慈善基金的成立和运行中，慈善基金本身和挂靠主管单位之间存在合作关系的同时，也存在着各种利益纠葛，甚至矛盾。民间慈善基金害怕挂靠主管单位行政监管过度，丧失独立性；挂靠单位顾忌到慈善基金的“民间性”，万一出现政治风险和贪污腐败，会容易激起公愤，引火烧身“麻秆打狼两头怕”，两者之间的关系可见一斑。

　　同时，也有业内人士认为，公募慈善基金与非公募基金处在一个不平等的竞争格局之中。因为向公募组织捐款可以免税，而向非公募组织捐款则需要缴纳很高的税金，这无疑是一种税收制度上的歧视。

　　8月26日，民政部社会福利和慈善事业促进司副司长徐建中表示，民政部计划将公益慈善类组织，统一从社会组织中拿出，单独由慈善司负责，开展单独的行业监管。公益慈善类组织将首先改变先找“业务主管单位”，再到民政部门登记注册的双头管理局面。这也意味着持续了多年的“双头管理体制”迈出实质性的改革之步。

　　对于慈善事业的未来之路，业内人士认为，官办慈善机构应该在不断去行政化的过程中增强自身独立性。而民间慈善组织必须得到政策和法律的支持，在降低民间慈善组织注册登记门槛时，给予其独立的公募资格，并通过保护慈善组织及捐赠人的合法权益，完善税收减免政策。而民间慈善机构应该自觉接受政府和媒体的监督，建立起规范的慈善项目运行机制而和信息披露制度。去行政化、法制化和规范化是民间慈善今后发展应遵循的原则，也将是民间慈善事业最终的发展方向。