“袁可立对黄道周一生影响很大，后来黄道周为钱龙锡辩冤和反对杨嗣昌议和直谏皇帝二事，都颇有先师袁可立刚直之风。”王明月说。

崇祯兴大狱，株连甚众，原大学士钱龙锡亦牵连论死。事发，举朝无敢出一言者。唯黄道周激于义愤，为钱龙锡辩冤。疏中直指崇祯的过失：“今杀累辅，徒有损于国。”崇祯帝大怒，“以诋毁曲庇”，着令回奏。黄道周再疏辩解，表明自己“区区寸心”，“为国体、边计、士气、人心留此一段实话”。他此次抗疏“几坐重典”，降三级调用。由于他据理争辩，钱龙锡方得不死。

崇祯五年（1632年）正月，黄道周因病请求归休。将离京时，他又上疏建议崇祯帝“退小人，任贤士”，并举荐一批有才有志之士。疏上，获“滥举逞臆”之罪，削籍为民。

黄道周罢官返乡南归，途经浙江，应浙中诸生之请，在余杭大涤山建书院授业；后返乡在漳州紫阳书院聚徒讲学。

崇祯十三年（1640年），江西巡抚解学龙以“忠孝”为由向朝廷举荐黄道周。解学龙说：“我明道学宗主，可任辅导（相）。”崇祯一听大怒，下令逮捕二人入狱，以“伪学欺世”之罪重治。由于几位大臣力谏，改为廷杖八十，永远充军广西。此番杖谪，使黄道周声名愈重。

崇祯十四年，杨嗣昌暴病而亡。崇祯回想起黄道周当初的预言，便下旨将黄道周复官。此时，河南已被李自成农民军攻占，关外大明领土也皆被清军占领，黄道周见朝廷昏庸无道，国运已尽，遂告病辞官，回到老家漳浦，结庐先人墓侧，专心著述。

“吾为正义而死，是为考终，汝何哀？”

南明隆武二年，黄道周就义之日。老仆哭之甚哀，道周安慰他说：“吾为正义而死，是为考终，汝何哀？”乃从容就刑，慷慨凛然。