平潭壳丘头遗址于1958年被发现，1984年定名为“南垄新石器时代遗址”，1989年1月更名为“壳丘山遗址”，再经著名考古学家安志敏考察后，正式定名为“壳丘头文化”。闽侯昙石山遗址于1954年调查发现，其后从1959年至2004年先后进行了九次面积不等的考古发掘，确定的自早而晚的一期(下层)、二期(中层)、三期(上层下)、四期(上层上)的四个文化层的过程，众多的遗迹和遗物反映了该遗址具有丰富的文化内涵和鲜明的地域海洋性文化特色，正式定名为“昙石山文化”。

“壳丘头文化”和“昙石山文化”区域特征明显，文化传承清晰，反映了距今6500年至4300年间福建先民从新石器进入青铜时代的历史进程。但是，作为文物小省，壳丘头和昙石山文化尚不能与半坡、良渚、河姆渡、红山等文化遗址等量齐观，直到著名华裔学者张光直教授介入之后，确认这两个文化遗址与台湾史前文化的关系，并很有可能是南岛语族的源头。此后，福建沿海的史前文化与太平洋地区史前文化的关系引起国际学术界的高度关注，“壳丘头文化”和“昙石山文化”的重要性逐渐凸显，这对于探索海峡两岸人文血脉关系、人类向海洋的拓展、远古航海技术的起源等等，有着极深远的历史意义和现实意义，在中国史前史研究中成为显学。

1964－1965年，在当时执教于美国耶鲁大学的张光直先生的主持下，台湾大学考古人类学系与耶鲁大学人类学系联合对台北的大坌坑、圆山和高雄的凤鼻头等遗址进行了考古发掘。这一研究首次确立了距今6500－2000年台湾新石器时代文化的发展序列，即：粗绳纹陶文化（大坌坑文化）－ 细绳纹陶文化（圆山文化，凤鼻头文化或牛稠子文化）。

距今6000年左右“大坌坑文化”的突然出现，标志着台湾的史前文化发生重大变化，表现在陶器的出现、磨制石锛、石镞和网坠的制作。考古学界一致认为, “大坌坑文化”与此前台湾发现的“长滨文化”（旧石器时代）差异巨大, 二者之间没有传承关系。由于在“大坌坑文化”之后发展出的区域文化是后来台湾原住民文化的基础，所以目前学术界一般认为，“大坌坑文化”是台湾目前已知的南岛语族最早的祖先文化。