清承明之后，福建私家藏书又有了重大的发展，无论在藏书的规模、数量、种类、区域分布等方面，均超过了以往的任何一个朝代，达到了古代福建私家藏书的鼎盛时期。其中，有文献记载的清代福建藏书家多达170余人，藏书楼（室、斋）有100余座。

清代福建私家藏书，大致可分为以下三个阶段：

1.清初福建是重要的反清复明之地。清军入闽，沿海迁界，私家藏书，抄毁焚掠，惨遭厄运，损失殆尽。康熙统一台湾之后，福建恢复元气，尤其是雍正以降，随着政治与社会的日趋稳定，经济发达，文化繁荣，福建私家藏书又迅猛发展起来。这一时期的藏书家主要集中在福州、莆田及泉州等地。例如：晋江黄虞稷在其父兄的遗藏基础上，不遗余力地广搜古今秘本珍籍，遂使藏书之数，很快增至8万余卷，且易其父黄居中的“千顷斋”为闻名全国的“千顷堂”藏书楼。安溪的李光地、晋江的蔡仕舢与徐居敬等人的藏书，亦负有盛名。福州的藏书家群体则更为庞大，尤为著名的有：林佶的“朴学斋”藏书7万余卷、萧梦松的“名山草堂”藏书8万余卷；还有陈梦雷与“松鹤山房”、李馥的“居业堂”等藏书，均名重一时，成就了福建私家藏书新的辉煌。

2.乾（隆）、嘉（庆）时期，福建更是藏书家辈出、藏书楼林立。此时，福州和闽南地区仍然是私家藏书云集之地，福州地区著名的藏书家与藏书楼主要有：黄任的“十砚轩”、谢道承的“春草堂”、何蔚然的“西郊草堂”、叶观国的“绿筠书屋”、孟超然的“亦园亭”、郑杰的“注韩居”、梁章钜的“黄楼”、陈若霖的“居敬堂”、陈寿祺的“小嫏嬛馆”、陈征芝的“带经堂”、何则贤的“静学书屋”等等；闽南地区的有如：张祥云的“鞠园”、陈庆镛的“籀经堂”黄宗汉的“一六渊海”等等。此外，闽北、甚至闽西也出现了个别大藏书家，如著名的伊秉绶“留春草堂”等。这一时期，福建的私家藏书日臻顶峰。