术后，黄秀泉仍一心扑在岗位上，白天田间调查，晚上统计分析，有时一天仅睡四五个小时。无情的病魔并未远离这个青春的躯体。一年后，移植的肾开始排斥。1999年底，移植的肾无法支撑，肾功能完全丧失。在去医院的路上，黄秀泉昏迷过去，医生将他从死神手中夺了回来。2000年9月，黄秀泉做了第二次肾移植手术。

两次换肾，长期的抗排斥治疗，免疫抑制剂、激素药物的毒副作用，黄秀泉机体免疫力下降，出现胆囊结石、高血糖、肠胃病等多种并发症。但身体再不舒服，黄秀泉也不肯落下工作。

沙县农业科学研究所承担着南方稻区（国家）、省、市及有关科研院所水稻新品种的区域试验、生产试验、引种试验、筛选试验、稻瘟病抗性鉴定等试验任务，每年有200多个品种在这里进行试验。黄秀泉和同事们的主要工作就是认真把握试验的每一环节，确保新品种试验的数据准确无误。黄秀泉说：“基层农技工作并不难，但一定要有耐心。”

沙县农业科学研究所有试验田200多亩，在试验实施过程中，尽管有工人协助，但从试验种子装袋、浸种、催芽、播种、育秧，到田间小区安排、插秧，再到之后的补苗、施肥、耘田、除草、喷药、病虫害防治等一系列田间管理，黄秀泉都要全程参与。

白天在田间，晚上在办公室。工作紧张时，天刚放亮，黄秀泉就到田里忙碌，夜幕降临时，他回到办公室整理录入数据，忙到凌晨是常有的事。附近的农民告诉记者：“他（黄秀泉）农活干得比我们都好，手上的茧比我们的还厚。”沙县农业科学研究所的同事们说：“他为了试验，想得很多、想得很细。”而黄秀泉自己则说：“农业增产、农民增收主要靠优良新品种，区域试验就是要检验新品种到底有多优良，烈火才能见真金，试验工作马虎不得。”

由于一心扑在工作上，加上身体的原因，黄秀泉至今还未有子女，在他心里，已经把每一粒水稻种子看成自己的孩子，悉心呵护，耐心陪伴，认认真真地记录着“孩子们”的每一个成长过程。他说，种子就像我的娃。

多年来，黄秀泉完成了2000多个水稻品种（组合）的南方稻区（国家）、省、市等水稻新品种的相关试验以及水稻育种材料繁育和稻瘟病抗性鉴定1万多份，提供水稻新品种试验现场审定20多场次，为我国水稻新品种推广提供了大量真实可靠的实验数据。2013年12月，黄秀泉被农业部授予“全国农业先进个人”荣誉称号；2014年6月中共福建省委授予黄秀泉“全省优秀共产党员”荣誉称号。