孙翼谋原名孙亦谋，字谷廷，侯官县文儒坊人。道光二十年（1840年）考中举人，后改名孙翼谋，后屡考进士不第，12年后，即考中咸丰二年（1852）恩科进士，入翰林院庶常馆当庶吉士，又改讲官，因丁忧归乡。后补御史，遇事敢于站出来说话，曾上《筹国家大局》一疏，字里行间流露出忧国忧民之心，同治皇帝阅后，大为感动，因此声名远播。

不久，孙翼谋出任安徽宁国府知府。宁国府经太平天国与清军作战后，乡村破败，满目疮痍。孙翼谋招集流亡农民回乡耕种，生产逐步起色。改调安徽安庆知府，不久升两淮盐运司，转浙江按察使。第二年，升湖南布政使，并代理按察使职务。

孙翼谋是一名好官，在各地当官都留下了好名声。在安徽省为官近二十年，政绩很多，特别善于判案。每审判一名囚犯，都虚心体察，不搞刑、逼、供，因而他手上从来没有冤案。比如，有龙图团五鼎和油坊枪杀六命案，案犯都已诬服了，但孙翼谋经过认真审理，发现破绽，将已定的这桩六命案平反了，人们都称他判案如神。所以，孙翼谋很受总督左宗棠的器重。孙翼谋病逝于湖南布政使任上，史载：“丧还之日，民赴送者塞于路。”可见他深受百姓的爱戴。