理学即程颢、程颐的道学。“二程”传杨时，杨时传李侗，李侗再传朱熹。朱熹系统整理为“理一元论”，所以称“朱子理学”。朱熹身体力行，积极从事理学的学术研究和讲学活动。他和他的学生在福州地区曾办过许多的理学书院。有案可稽的有：福州紫阳讲堂、福州东野竹林书院、福州贤场书院、福州高峰书院、福州濂江书院、福州龙津书院、长乐龙峰书院、罗源文公书院、闽县吟翠书院、连江丹阳书院、闽清梅溪书院等。

福州紫阳讲堂在今晋安区王庄街道的紫阳村大桥自然村。朱熹曾称“紫阳先生”，为纪念朱熹在该地办学，称该地为“紫阳”。紫阳村现在保留一座古建筑，称“讲堂胜境”，地名“讲堂前”。据说是宋代朱熹讲学的地方，规模不大。黄榦生于离学堂不远的浦下村，乾道二年（1166年）父殁，黄榦14岁，经刘清之介绍，受业于朱熹门下。后朱熹遂以其女朱兑妻榦。淳熙十年（1183）年，朱熹到福州，受赵汝愚礼遇后，特地到浦下黄榦家里见他的女儿，写了著名的《葱汤麦饭》诗：“葱汤麦饭两相宜，葱补丹田麦疗饥。莫谓此中滋味薄，前村还有未炊时。”附近鹤林村有“凤丘”、“鹤林”的朱熹题刻。

福州东野竹林书院在今晋安区的竹屿村，为黄榦所建，原称“竹林精舍”，后改为书院，可能是为区别建阳朱熹“竹林书院”的缘故，特称“东野竹林书院”，有朱熹题额。王铁藩先生说，南宋时期理学家朱熹在此讲学。也有人说为朱熹所创办。

福州贤场书院在今晋安区北峰岭头乡的前洋村。“前洋”是“贤场”的谐音而来。朱熹在北峰有诗《题莲花峰》两首：“群峰相接连，断处秋云起。云起山更深，咫尺愁千里。”“流云绕空山，绝壁上苍翠。应有采芝人，相期烟雨外。”

福州高峰书院在今晋安区北峰岭头乡石牌村，为朱熹门人黄榦创办，时间在“庆元党禁”后，黄榦“丁母忧，学者从之讲学于墓庐甚”。江南竹庖羲谷墓地，据说是朱熹亲自为其定穴的。当时“党禁”严重，黄榦避迹于山村守墓，因此办高峰书院。后书院圮，近年已重建，在原址发现许多宋代遗物。

福州濂江书院在今仓山区林浦村，有朱熹题“文明气象”。附近城门有朱熹题刻《岩屏》诗，诗曰：“青碧晋奇胜，登高四望平。天光笼雾障，佳气列云屏。结屋宁楼鹤，纹苔却照萤。藏书多乐事，奕叶踵芳声。”城山郑湜为朱熹的挚友。朱熹曾避迹其家中。

福州龙津书院在今马尾区亭江镇长柄村，现为朱子祠，被列为马尾区文物保护单位。宋代，长柄村称铁冶场。附近的长安村有朱熹的“仙苑”榜书题刻。朱熹的同榜进士梁汝昌帮助他办学。梁汝昌，原永泰人，后迁闽县梁厝村（今仓山区城门镇梁厝村），与长柄村仅一水之隔。其弟梁汝嘉与朱熹更是志同道合。有说梁汝昌为朱熹在龙津书院的学生，系讹传。

龙峰书院在今长江乐市潭头镇二刘村龙峰岩下。明万历《福州府志》载：“朱熹避伪学禁来此，二刘（刘砥、刘砺）师之，大书‘读书处’三字，勒于石。后人因名其岩云。”后又称“晦翁岩”。清船政大臣沈葆桢书“晦翁岩”今尤在。明郑善夫有诗《宿石门晦翁读书处》，叶向高有诗《同万侯编、蒋膳部行义登晦翁岩。昔避伪学讲于此，有祠且废，乃修复之，爰赋二律》，皆记述朱熹和龙峰书院。南宋庆元五年四月（1119年），朱熹的《跋刘世南行状》也说：“长乐刘砥及其弟砺，相与来学，累年于兹。更历变故，志尚愈坚。”另有长乐县郑申之，宋乾道五年（1169年）进士，其少年时曾受业朱熹门下。今湖南镇过洋店村还有朱熹题刻的“豹变喦”。

罗源文公书院在罗源县的圣水寺。该寺建于北宋绍圣三年（1096年），朱熹借寺里的客堂讲学，后以客堂称“文公书院”。有朱熹手书“南石古道”。

吟翠书院在现在闽侯县祥谦镇辅翼村三溪口水库附近的下卓自然村。辅翼村素盛文风，南宋乾道二年（1166年）有黄孔光进士及第，常与朱熹游，筑室吟翠山楼于五虎山（方山）下，邀朱熹讲席，称“吟翠书院”。辅翼村黄人龙、黄人凤等人因而得到教益。朱熹在下卓村还经常登五虎山，有《方山》诗：“到山不识山面目，但见九鼻盘溪曲。归来兀坐小窗下，倚天百里剖寒玉。”另在绝顶峰题刻：“怡山良石，神仙所居”。

连江县丹阳书院在丹阳镇内，今为朱子祠。相传朱熹从岭头石牌村而来，住在连江的贵安村，天天到丹阳书院讲学。

梅溪书院在闽清县梅城。清解元林逸《侯官地方志》说：“郑性之少年家贫，得母家倪氏恤，入梅溪书院，师承朱子。”郑性之出生于今闽侯县的汤院村。汤院与闽清县相邻，因入梅溪书院，于南宋嘉定元年（1208年）大魁天下。朱熹游闽清白岩山，还题刻有“八闽祖岳”。

朱熹到福州虽有10次，但第一次是少年未成时，不可能办学。最有可能的是南宋隆兴二年（1164年）和淳熙十年（1183年）以及庆元二年至庆元四年（1196至1198年）。其余则来去匆匆，没有太多的时间留在福州办学。庆元二年他辞官之后已67岁，贫病交加，特别是庆元四年（1198年）后，他的左眼已经全瞎，右眼模模糊糊能看文稿。也就是说，他能在福州“避伪学禁”办学的也只有从庆元二年到四年的两年时间。此间他主要的是在建阳考亭办学，能到福州的时间有限。何况极力庇护他的福州郡守赵汝愚早已经获罪，福州也同其他地方一样处在“伪学禁”的白色恐怖之中，朱熹和他的理学书院不太可能大有作为。因此，以朱熹的个人和有限的时间，绝不可能办10多所书院。应该说其中有许多是他的学生，诸如黄榦等人所创办的。有一部分还是在“庆元党禁”平反后，也就是说在朱熹逝世后，朱熹的门人和朱熹的朋友们，以朱熹的名义创办的理学书院，但其影响同样是十分深远的，以至于几百年来，福州一直是全国理学的中心。