福州龙津书院在今马尾区亭江镇长柄村，现为朱子祠，被列为马尾区文物保护单位。宋代，长柄村称铁冶场。附近的长安村有朱熹的“仙苑”榜书题刻。朱熹的同榜进士梁汝昌帮助他办学。梁汝昌，原永泰人，后迁闽县梁厝村（今仓山区城门镇梁厝村），与长柄村仅一水之隔。其弟梁汝嘉与朱熹更是志同道合。有说梁汝昌为朱熹在龙津书院的学生，系讹传。

龙峰书院在今长江乐市潭头镇二刘村龙峰岩下。明万历《福州府志》载：“朱熹避伪学禁来此，二刘（刘砥、刘砺）师之，大书‘读书处’三字，勒于石。后人因名其岩云。”后又称“晦翁岩”。清船政大臣沈葆桢书“晦翁岩”今尤在。明郑善夫有诗《宿石门晦翁读书处》，叶向高有诗《同万侯编、蒋膳部行义登晦翁岩。昔避伪学讲于此，有祠且废，乃修复之，爰赋二律》，皆记述朱熹和龙峰书院。南宋庆元五年四月（1119年），朱熹的《跋刘世南行状》也说：“长乐刘砥及其弟砺，相与来学，累年于兹。更历变故，志尚愈坚。”另有长乐县郑申之，宋乾道五年（1169年）进士，其少年时曾受业朱熹门下。今湖南镇过洋店村还有朱熹题刻的“豹变喦”。

罗源文公书院在罗源县的圣水寺。该寺建于北宋绍圣三年（1096年），朱熹借寺里的客堂讲学，后以客堂称“文公书院”。有朱熹手书“南石古道”。

吟翠书院在现在闽侯县祥谦镇辅翼村三溪口水库附近的下卓自然村。辅翼村素盛文风，南宋乾道二年（1166年）有黄孔光进士及第，常与朱熹游，筑室吟翠山楼于五虎山（方山）下，邀朱熹讲席，称“吟翠书院”。辅翼村黄人龙、黄人凤等人因而得到教益。朱熹在下卓村还经常登五虎山，有《方山》诗：“到山不识山面目，但见九鼻盘溪曲。归来兀坐小窗下，倚天百里剖寒玉。”另在绝顶峰题刻：“怡山良石，神仙所居”。

连江县丹阳书院在丹阳镇内，今为朱子祠。相传朱熹从岭头石牌村而来，住在连江的贵安村，天天到丹阳书院讲学。