两天后（9月4日），官制编纂大臣举行第一次会议，讨论相关事宜。紧接着，清廷于9月6日下令成立官制编制馆，吸收一些宪政专家参与起草。9月18日，他们就拿出了一个初步方案，由载泽领衔报朝廷。这个方案只是规划官制改革大原则，比如在议会还不能很快建立时怎样落实君主主导下行政与司法分立，以及中央部院应该怎样合理设置等。

对于这个方案中的大原则，在此后讨论中也有相当争论，而且一个最重要的争论就发生在铁良和袁世凯之间。大致上说，袁世凯主张，既然官制改革已经构建了共识，那么就应该乘着这个难得机会一步到位。而在当时中央官制体系中最不合理的就是权力至大而又无法负责任的军机处，按照君主立宪原则，肯定要设立责任内阁。既然设立责任内阁，就必然要裁撤合并一些部门，军机处就在这个当裁当并名单中。

军机处对于满洲贵族和皇族来说，或许是落实权利的重要体现，他们无法想象没有了军机处，只有一个责任内阁，而这个责任内阁将来还要向议会负责，他们担心这样一来必然使君主权力旁落，因而铁良等人坚决反对废除军机处，反对设立责任内阁，力主乘此改革机会削减督抚权力，增加中央权力，设立陆军部统辖全国军队，限制官吏兼差兼职。这是一个收权思路，与袁世凯等人行政体制改革思路不太一致。

与军机处、责任内阁相仿佛的改革意向还有内务府的设置，既然君主立宪了，也就不存在一个庞大的特权阶层了，内务府在君宪体制下也就没有存在必要。

以此类推，还有八旗体制。君宪了，八旗也就从原来被养起来的状态解放出来了，他们应该恢复平民其实就是公民的身份，可以经商可以从政，不再受制于原来的体制和束缚。