看点一：由无人参与到有人参与。

由“神八”不载人到“神九”载3名航天员的全乘员组飞行，是“神八”与“神九”最大的不同。由于“神八”不载人，因此，舱内装载了一些与载人无关的设备。“神九”为了实现载人的需要，飞船舱内取消了与载人无关的设备，返回舱座椅恢复为标准3人状态。由于“神九”3名航天员中有一名女航天员，女航天员被安排坐在座舱的左侧位置。同时，考虑到女航天员的生理特点，增加了女航天员专用的舱内服装备件包，包内专门配备了1套供女航天员专用舱内压力服和大小便收集装置，还有女性专用卫生用品包；飞船舱内配备了一个食品包，包内装载了可供3名航天员吃15天的航天食品和喝15天的饮用水，还有航天员内衣备件包和废物收集袋，这些都是“神八”上所没有的。

看点二：组合体飞行方案不同。

“神八”不载人，“神九”与“天宫一号”将载3名航天员，进行组合体停靠30人/天的最长飞行任务验证。“神九”独立飞行时间与“神八”相同，正常情况下独立飞行3天，在应急情况下可以独立飞行5天；“神九”组合体停靠时间由“神八”的14天变为10天，目的是验证组合体最长飞行支持能力。

看点三：交会对接进入方向不同。

“神八”两次对接全部采用从后向进入对接，也就是说飞船在后，向前追赶“天宫一号”，在逐渐接近的过程中，与“天宫一号”对接，同时，第二次对接采用飞船撤退至140米的地方进行对接的方案。“神九”将进行前向对接，也就是说，飞船在前，由“天宫一号”追赶“神九”进行对接，在第二次对接中，采用飞船自动撤离、撤退至400米的地方进行前向对接的方案。

看点四：交会对接方法不同。

“神八”与“天宫一号”交会对接采用的是在飞船上的交会对接设备的引导下自动交会对接，而“神九”与“天宫一号”交会对接在进行自动交会对接的同时，还将采用人工手动控制方法进行，以验证航天员人工手动控制交会对接技术。

实际上，航天员对飞船的手动运动控制功能从“神舟一号”飞船到“神舟八号”飞船都具备，但在此前我国进行的载人航天飞行中，航天员还没有实际进行操作，这也就是说，只是坐在座舱里，还没有亲手驾驶飞船。“神九”航天员将第一次进行手动控制飞船，并进行手控交会对接，充分体会驾驶飞船的感觉，在进行人工手动控制交会对接过程中，姿态控制手柄和推进发动机等设备将首次在轨道上协同工作，从而实现交会对接技术由“神八”的部分验证到全面验证。