国民党中央组织部党务调查科在第一次国共合作时的任务，只是收集整理党内的各种资料，并做一般性的社会调查。蒋介石取得了国民党党、政、军大权后，为达到打击中共和国内其他政治力量以及国民党内其它派系的目的，开始着手建立特务组织。为掩人耳目，蒋介石将特务工作转到了党务调查科下。蒋介石对调查科十分重视，从各方面给予大力支持，要钱给钱、要人给人。

　　在陈果夫建议下，蒋介石欣然同意由他的机要科长陈立夫担任调查科主任，主持特务工作。于是年方28岁的陈立夫，一手创建了国民党的第一个特务组织——中统。

　　陈立夫主持调查科后，忠实地执行蒋介石的命令，将调查科办成一个纯粹的特务组织。一开始，陈立夫手下只有十几个人。在与陈果夫商量并报蒋介石批准后，他扩大了人员编制，从陈果夫主持的中央党务学校毕业生中选中10人到调查科工作。

　　1930年，陈立夫又从中央军校第六期毕业生中挑选了20人，并以这20名特工人员为基础，成立了特务工作总部(简称特工总部)，由陈氏兄弟的表弟、陈立夫在美国匹茨堡大学时的同学徐恩曾担任主任。特工总部是一个完全秘密的组织，它不属于国民党的任何党政部门，在国民党的各种组织条例中也没有这个名称。它对外活动从不用“总部”的名义，而是用化名或代号。陈氏兄弟赋予该部门有对特务的生杀大权，被称为“特务中的特务”。

　　中统给中共组织造成了巨大的破坏。中共中央在上海的领导机关被先后破坏14次，被捕的中共党员和干部计24800人，其中历届中共中央总书记3人(向忠发、陈独秀、瞿秋白)，中共中央委员40人，省市委干部829人，县市级干部计8199人，一般干部和党员计15765人。1931年到1935年，自首变节的共产党员有276人，其中包括中共总书记向忠发，中央政治局委员卢福坦、顾顺章、徐锡根，中央组织部长盛忠亮、上海局书记李竹声等高级领导干部。瞿秋白、罗亦农、彭湃、恽代英等一批中共领袖牺牲。中共在白区的工作几乎损失百分之百，致使中共中央机关不得不迁往中央苏区。

　　陈立夫主持调查科的时间不长，便被调任南京国民政府军事委员会机要科主任兼国民复兴委员会秘书长。在他离任后，仍提拔和安排其亲信张道藩、吴大钧、叶秀峰、徐恩曾等先后出任调查科科长，牢牢把握中统大权。

　　国民党兵败大陆后，蒋介石将国民党的失败归罪于陈氏兄弟，认为是二陈操纵党务，培植CC派系统，导致党内派系重重，矛盾迭出。二陈搞特务政治，激起天怨人怒，才导致了他的失败。1950年3月1日，蒋介石复职后，开始着手收拾残局，苦心经营台湾。他另起炉灶，对国民党的人事布局进行大幅度调整，大力扶持蒋经国和陈诚的势力，为未来蒋经国接班铺垫。在这种情况下，掌握国民党党务和特务大权的陈氏兄弟的势力被彻底清洗。新成立的“总统府机要室资料组”取代了原中统和军统的一切业务。

　　在蒋介石新的人事安排中，均没有陈氏兄弟的份。从此，二陈结束了辉煌的政治生涯，他们所领导的CC派也沦为历史名词。

　　1950年8月4日，陈立夫潸然告别父、兄，偕夫人及子女飞往美国。

　　一年之后的1951年8月25日，陈果夫溘然长逝，终年61岁。远在美国的陈立夫只能洒泪遥祭。

　　流落异乡的陈立夫起初与曾担任过《申报》总编辑的潘公展、担任过《中央日报》总编辑的赖琏等一些故旧和CC派人物，合办《华美日报》。但由于报纸的发行量有限，没有多少经济收入，陈立夫只得又与友人一起开办了养鸡场和食品厂。50多岁的陈立夫为了节省运费，买了一辆二手汽车，亲自驾车到附近销售鸡蛋。

　　1966年10月，陈立夫受蒋经国之邀回台湾参加蒋介石80寿辰。生日庆典后，蒋介石还专门邀请陈立夫到慈湖寓所住了一晚，并提出希望他回台湾居住。蒋介石诚恳地说：“果夫去了，我必须为你负责，否则，百年之后，我何颜面重见英士先贤。”

　　三年之后，1969年4月，陈立夫正式回台湾居住，结束了20年的流亡生活。

　　1975年4月5日，蒋介石去世。蒋经国拉着陈立夫的手，跪在蒋介石灵柩旁哭泣：“我已失去父亲矣，你是我惟一的哥哥，以后务请你多扶助！”蒋经国十分尊重陈立夫，对陈总是执晚辈之礼，甚至与陈分享别人馈赠的食品。政府的重要人事决定以及重要政策实行，必然先征求陈立夫的意见。他对陈立夫的各种文化活动，也是全力支持。

　　2001年2月8日，陈立夫在台中逝世，享年102岁。公祭后，陈立夫被安葬于台北郊外观音山陈家墓地，这里安葬着他的父亲陈其业、长兄陈果夫、夫人孙禄卿等亲人。

　　一直与陈氏兄弟在公开和秘密两条战线斗争的周恩来，曾称陈立夫是位“值得尊敬的敌人”。此言可谓公正之极。