统一之后面临的问题就是如何治理这个国家。

　　李斯认为，周朝采用分封制，诸侯各自为政，所以天下战乱不断。如今天下统一，如果再分封诸侯国，又将回到以前的分裂局面，应当采用中央集权管理。

　　李斯的提议遭到博士淳于越的强烈反对。淳于越上奏秦始皇，说天下之大，如果宗室子弟没有封地，就和普通百姓一样，万一发生叛乱，谁来相救？比如齐国的田常，晋国的六卿，都发生过叛乱，如果秦始皇不采用分封制，不以古为师，国家就不能长久。

　　这一奏疏激怒了秦始皇，他把淳于越交由李斯处理。李斯对淳于越进行审查，最后给淳于越定的罪状是泥古不化，厚古薄今。接着，李斯建议秦始皇焚书，秦始皇也采纳了。

　　于是，大权在握的李斯，制定了一系列规定和处罚。总结起来，可称为“两个凡是”：凡是《秦记》以外的史书，一律烧掉；凡是博士收藏的诗书一律烧掉。有谈论诗书者，在闹市区处死，暴尸街头；有厚古薄今、以古非今者，全族处死；官吏包庇知情不报，同罪处置；得令后三十日之内不焚书者，面上刺字，发配去修长城。