在陕西的抗清势力中，不全是农民军的余部，其中有的是故明宗室起兵反清；有的是故明遗臣士大夫不愿归服清朝而组织当地民众抗清；有的原为明将吏，降清后复叛；有的原为农民军将官，先降明，再降清，复举兵叛清；也有的原为明官，先降农民军，及至农民军失败，又转向清朝，为时不久，又趁机为乱。如姜瓖就是一个典型。所有这些抗清活动，给清朝一定的打击，逼使清朝改变某些压迫政策，但从根本上说，已失去了意义，尤其是某些人反复无常，完全以一己利益之得失为转移，既无气节可言，也无积极意义可赞许。一次次的战斗，反反复复的用兵，已使陕西和其他地区的生产和生活遭到严重破坏，平民百姓无谓流血牺牲，付出了极大的代价，只不过成了某些政治集团获取个人私利的牺牲品。至于一些人趁混乱，拉起旗号，打家劫舍，为害更大。因此，吴三桂在陕西的军事活动，虽说屠杀了不少叛军，使他们遭到重大牺牲，但从大局来考虑，也是势所必然。

　　到顺治七年(1650年)，陕西的战事迅速减少，这反映在清官方档案《实录》的记载也很少见。这一年，只有两次记录了三桂的军事活动。一次是在五月，据三桂报告，保德州(山西保德)的兵民，以崔耀为首，活捉所谓“定国公”牛化麟，并把他处死，然后开城投降。三桂将其中接受官职的217人都处死。《清世祖实录》，卷49，7页。三桂于去年冬已开始围城，直至此时才得保德州，算起来，围攻此城已达半年以上。恢复府谷县(陕西府谷)就更晚了，迟至十一月初才见报道，这就是他的第二次军事活动记录。据此推算，其收复时间约在九月、十月间。从三桂的报告来看，清兵经过长时间的围困之后，发动猛攻，才攻下府谷县，以“经略”高友才为首的将官300余人都被处死，全歼兵士1 000余人，活捉投降叛军的原榆林道孙士宁、副将贾梧、游击季鼎。三桂执生杀大权，对此类反复无常的人决不宽容，当即下令就地处决。对先降的人则不杀，保留原职。“总兵”郝自法已受三桂招降，得到宽大处理。《清世祖实录》，卷51，5页。次年即顺治八年正月，三桂与李国翰率部离开府谷，返汉中。《明清史料》丙编第9本，862页。

　　驻陕西的封疆大吏，几乎都是汉官汉将，从巡按到巡抚，到总督；从总兵官到驻防军的统帅，无不由勇冠三军的骁将担任。如陕西巡按卢传、巡抚黄尔性、陕西宁夏总兵刘芳名、陕西三边总督孟乔芳，再加上镇守汉中的平西王吴三桂和他的辽兵，以及“平西将军”李国翰，都是能谋能战的人物。他们相互配合，协同作战，终于把难以对付的陕甘地区的抗清力量镇压下去。到顺治八年底，陕西“一切巨寇俱已歼灭殆尽”《明清史料》丙编第8本，798页。。陕西三边总督孟乔芳，驻陕十年，“破灭群盗，降其胁从”，前后共达176 000余人。《清史稿·孟乔芳传》，卷237，9479页。而三桂到陕西近两年，剿抚也达四五万人。只有偏远的山区，还藏有小股武装，“不时出没，劫掠乡村”，已构不成大患。《明清史料》丙编第8本，798页。陕西的局势恢复正常，得以安定下来。