1949年，黄慕兰等来了新中国成立，却迟迟未被安排工作。已经是华东局书记的饶漱石以未参加组织活动为由，拒绝承认她的党组织关系。台湾尚未收回，黄慕兰做过的很多事情也不便公开，刘少文推荐黄慕兰夫妇任全国政协委员的提议，最终没能通过。

由于在新中国找不到位置，陈志皋决定离开大陆。黄慕兰则坚持带着四个孩子，等待着新中国给她一个定论。“我天真地以为十年后他就会回来的，那时候台湾也解放了。”没想到，这一别又是永诀。

1955年，又一波打击接踵而来。黄慕兰受到“潘杨案”(潘汉年、杨帆的“特务”冤案)牵连而入狱，之后是17年监禁和8年上诉，直到1980年，她才在邓颖超直接关怀下，被任命为上海市政府参事，此时已是73岁高龄。1991年，她最终被承认党龄。

为了表明自己的清白，黄慕兰从秦城监狱出来就拿起了笔。她总共写了六个版本的传记，其中最长的自传是为党组织写的，至今仍遵守纪律不公开。

最终出版的个人传记，在黄慕兰将近百岁的时候得以面世。在书中，她没有抱怨和责备，反而把滴水之恩也写得清清楚楚。那些悲伤往事，只字未提。

“我到底是不是女英雄，历史会做出判决。”在105岁寿辰之际，黄慕兰说，她已经无欲无求。

黄慕兰常说“家和万事兴”，这个“家”是指小家，也是大家，更是指国家。如今最大的快乐就是扳着手指算“今年家里有多少好事”，而这些“好事”，大多是儿孙们的成功或晚辈的点滴进步。