就在日本加紧控制琉球的时候，“牡丹社事件”为日本人彻底占领琉球并染指台湾找到了借口。

    1871年11月27日，66名前往中国进行朝贡和贸易的琉球人，在回国途中因遇到大风，船舶漂流到了台湾，被不明就里的台湾土著牡丹社民误认作敌人，杀死54人，另外12人被清政府护送回国。“牡丹社事件”的当事人一方是中国子民，一方是中国藩属国的臣民，本与日本无关，但日本却蓄谋吞并琉球，并借机插手台湾。