平潭城区地势中部高，东西两侧低。根据该地形，将排水区域分为东、西两个区，城区中部的翠园路是老城区东西两个排水分区的分水岭。建成后，西区污水管道每日可接受污水量近2.5万吨，东区每日可接受污水量约2.2万吨。

此外，平潭现有一座西区污水处理厂，日处理污水能力为1万吨，目前正在进行二期扩容工程，预计2010年6月建成投产，建成后日处理污水能力达3万吨。同时正在规划的东区污水处理厂，一期规模为日处理污水能力1.5万吨。城市污水经污水处理厂统一处理后，将大幅度削减污染物的排放量。