总的来看，“政教合一制”无论是哪种具体表现形式，都是政权与教权的不可分离。有时，它或者更多地倾向于政权利用教权（宗教意识）以维护政权的稳定；有时，它或者更多地倾向于教权（宗教意识）利用政权来谋求教权的实现，但不管何者更为侧重，政教都是一体的，也就是说政权与教权是互为前提的，其得以联合的根本，即两者暂时妥协的现实基础在于特定的政权与教权在一定范围内的终极利益是一致的。其本质，是以宗教为手段实行少数人对多数人的压迫。

　　从宗教的形态来看，主要有两种存在，即自然的宗教和人为的宗教。自然宗教是人类在早期历史中，由于生产力的落后，人们在认识自然和改造自然的过程中，对一些不可解的自然力量产生神秘的想象，并归结于人之外的力量使然，而这种一开始即排除人本身可能性的认识的初步观念化，即为早期的人类宗教，也就是自然宗教。这种纯粹意义上的自然宗教，在人类文明发展的今天，已很难有拓展的空间。

　　至于人为的宗教，则是在人类文明进一步发展的过程（包括自然宗教）中产生的。人类历史上的“政教合一制”中的教权载体大多是人为的宗教。在自然宗教产生之后，随着人类社会的进步，人们对自然力的认识和掌握进一步深入，“人”的力量得到一定的肯定和张扬，单个的人结合成群体的人，群体的人以单个的人的存在为基础，并且这种结合的存在是以人对自己的有意识的认识为前提的。但由于自然本身的无限性（包括对社会关系的不可把握）和人的有限性，人们对自然和人本身仍无法完全解释，神秘性思维依然一定程度上支配着人的活动，由之，或出于政治的现实目的，或出于人对神秘性的不可掌握的无助感，人为宗教随之产生。不过，纯粹意义上的宗教概念，已经发生了意义转变，除了最初的绝对神秘性盲从外，还有不同的理念、观念、人对世界解释角度及道德约束、人类自律等方面的意义。由于人们对人自己能力的认识既有肯定的一面，也有否定的一面，因此，人为的宗教又分为两种，一种是在对宗教消极意义上的人为宗教，一种是在对宗教积极意义上的人为宗教。其与政权的关系，也就相应地分为人为的消极政教关系和人为的积极政教关系。

　　前者的政权有时只选定一种宗教作为教权的载体而排斥其他宗教，表现出了明显的“政教合一制”特征，如大多数的伊斯兰政教体即是如此。在这一政教关系中，伊斯兰教在政权实施中被权定为是唯一的信仰，并成为政权调整人与人之间各种关系和人们自己调节各种关系的唯一规范。有时，在消极政教关系中，政权也并不排除宗教信仰的自由性，但其政权在根本上对宗教对自我的否定（自我能力的否定）是持肯定态度的，因此，其政权的维系虽然不依赖于特定的宗教，但在对人的自我否定上与宗教对人终极的否定是相一致的，如基督教之于西方某些政权即是如此。不过，这一政权形式中，政教已不具有“政教合一”的外部明显特征，但在意识表现上，人对自然始终是无能为力的，人性受制于神性。至于积极的人为政教关系，则在提倡宗教信仰自由的同时，对自我持肯定态度，即肯定人对自然是可最终把握的，根本没有神性的存在，任何不可知的神秘性都是暂时性的。由此可以看出，消极人为政教关系和积极人为政教关系的根本区别在于对人本身的最终否定或肯定的态度。而在积极人为政教关系中，如果政权本身仍是少数人对多数人的剥削统治，那么其宗教也不是纯粹的，甚至是更为野蛮的；只有站在人类解放的立场，也就是打破少数人对多数人的剥削，实现人的真正全面自由的政权中，宗教才仅仅成为宗教。